二零一六年,马云飞在河北平山县利用职务之便,非法讨债,平山县警方以非法拘禁罪,将其起诉。后来通过关系办理取保候审。
二零一七年至二零一八年,在取保候审期间,马云飞利用职务强行侵占开发商财产,并长期雇佣十几名涉黑人员恐吓、威胁、殴打受害人,无视国家法律,被受害人举报到省纪委。
二零一八年四月三日,马云飞被定州市公安局拘留二十天,关押在望都县看守所(因定州市看守所正在维修)。
二零一八年四月五日凌晨四点多,河北省公安厅在定州市抓捕马云飞手下的十几个涉黑人员,同时把望都县看守所的马云飞一同抓到石家庄。
马云飞在当警察和国保大队副队长期间一直参与迫害法轮功,二零一二年六月二十一日中午一点左右,河北定州市杨家庄乡大洼里村(胡萝卜基地)村民法轮功学员贾占民,刚浇地回家,杨家庄乡派出所所长曲波、指导员刘晓勇、乡政法委人员张建坡等开着警车紧随其后就闯进家门。约十分钟后,定州市国保大队的队长马铁柱、马云飞等五、六个人闯进贾占民家。后在乡亲们的帮助下,恶警绑架贾占民未遂。